metacode-sci

<p align="center"> <img src="./assets/readme/hero.svg" width="100%" alt="Meta-CodeGraph：通过自然语言查找科研论文自己的公开代码。"> </p>

Meta-CodeGraph 是一个本地只读的“文献—代码”知识图谱。你可以直接询问一篇论文或一种方法，获得论文自有代码的公开位置，并看到这条结果当前可以确认到什么程度。

它把两个容易混淆的问题分开回答：代码在哪里，以及它是否真的属于这篇论文。Seurat、Scanpy 等第三方工具不会被误算成论文自己的代码。

<p align="center"> <img src="./assets/readme/section-proof.svg" width="100%" alt="真实效果"> </p>

<p align="center"> <img src="./assets/readme/proof.svg" width="100%" alt="查询 POSST macrophage，返回 POSST 的 GitHub 地址、T1 和关系级导航状态。"> </p>

下面是 v0.1.0rc4 数据包的真实结果：

{
  "query": "POSST macrophage",
  "title": "Macrophage-rich niches regulate T cell dynamics at the liver invasive margin during gallbladder cancer progression.",
  "code_location_url": "https://github.com/zaozaozaonan/POSST",
  "location_kind": "GIT_REPOSITORY",
  "coverage_tier": "T1",
  "navigation_depth": "RELATION_ONLY"
}

这条结果已经确认论文自己的公开代码位置，但目前只提供关系级导航，不会假装已经定位到具体 Figure 或 Methods。

<p align="center"> <img src="./assets/readme/section-start.svg" width="100%" alt="最快跑起来"> </p>

<p align="center"> <img src="./assets/readme/workflow.svg" width="100%" alt="下载发布包、设置数据路径、运行体检并接入 MCP。"> </p>

当前版本尚未发布到 PyPI。请从 GitHub Release v0.1.0rc4 下载：

• metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
• metacode-data-0.1.0rc4.zip
• SHA256SUMS.txt

Windows PowerShell：

Get-FileHash .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl -Algorithm SHA256
Get-FileHash .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -Algorithm SHA256

Expand-Archive .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -DestinationPath .
$env:METACODE_DATA_ROOT = (Resolve-Path .\metacode-data-0.1.0rc4).Path

python -m pip install .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
metacode-doctor

METACODE_DATA_ROOT 必须指向包含 BUNDLE_MANIFEST.json 和 content_packet_v1_1_1/ 的数据包根目录。

<details> <summary>macOS / Linux</summary>

sha256sum -c SHA256SUMS.txt --ignore-missing
unzip metacode-data-0.1.0rc4.zip
export METACODE_DATA_ROOT="$PWD/metacode-data-0.1.0rc4"

python -m pip install ./metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
metacode-doctor

</details>

把 MCP 注册到 Codex、Claude Code 或其他 MCP host：

{
  "mcpServers": {
    "metacode": {
      "command": "metacode-mcp",
      "env": {
        "METACODE_DATA_ROOT": "/absolute/path/to/metacode-data-0.1.0rc4"
      }
    }
  }
}

详细接入说明：Codex · Claude Code · MCP 配置

<p align="center"> <img src="./assets/readme/section-tools.svg" width="100%" alt="可以问什么"> </p>

MCP 工具	适合的问题
find_code	这篇论文自己的公开代码在哪里？
search_analysis_routes	哪些论文和代码与这个科研问题有关？
open_research_case	打开指定论文或研究案例
trace_evidence	这条论文—代码关系有什么证据？
knowledge_status	当前数据版本覆盖了什么？

可以直接问：

ovrlpy 这篇论文自己的代码在哪里？
POSST macrophage
项目现在一共有多少代码仓库？请按证据口径拆开。

<p align="center"> <img src="./assets/readme/section-evidence.svg" width="100%" alt="结果怎么看"> </p>

层级	用户看到的含义	默认返回
T0	高置信的论文自有代码	是
T1	已确认论文自有公开位置	是
CLAIM_ONLY	论文提到代码，但没有公开地址	否
T2	第三方工具、存档或 benchmark	否
T3	论文或代码身份尚未确认	仅精确查询时

find_code 默认只返回有公开地址的论文自有代码。本地没有命中，不代表论文不存在代码。

<p align="center"> <img src="./assets/readme/section-limits.svg" width="100%" alt="使用边界"> </p>

• 本地只读，默认不联网，不执行候选代码
• 公开数据包不包含 PDF、论文全文、第三方仓库副本或本机路径
• 来源文本只作为证据，不能改变工具权限
• 软件采用 Apache-2.0
• 项目自有注释在许可范围内采用 CC-BY-4.0
• 第三方论文、图表和代码不由本项目重新许可

进一步阅读：数据包 · 稳定性 · 数据权利 · 安全政策

参与与引用

• 贡献前请阅读 CONTRIBUTING.md 和 CODE_OF_CONDUCT.md。
• 使用数据包时请优先引用原始论文；软件引用信息见 CITATION.cff。
• 产品名是 Meta-CodeGraph，发行名是 metacode-sci，Python import 名是 metacode。

作者：做科研的 Meta 师兄