Medical AI Assistant MCP
Enables querying medical documents stored in Qdrant using semantic retrieval, allowing users to search PubMed articles through the Model Context Protocol.
README
Medical AI Assistant
Sistema RAG desarrollado como proyecto final de AI Engineering.
El proyecto implementa un sistema de Inteligencia Artificial preparado para producción, utilizando recuperación semántica, re-ranking, un agente cíclico con LangGraph, observabilidad mediante LangSmith y Arize Phoenix, y un adaptador MCP para exponer herramientas externas.
Objetivo
Construir un asistente médico capaz de responder preguntas utilizando artículos científicos de PubMed, combinando Retrieval-Augmented Generation (RAG) con un agente basado en LangGraph.
El sistema recupera información desde una base vectorial, prioriza los documentos mediante re-ranking y genera respuestas utilizando un modelo de lenguaje (LLM).
Arquitectura general
Usuario
│
▼
main.py
│
▼
pipeline.py
│
▼
MedicalAIAgent
│
▼
LangGraph
│
├───────────────┐
▼ │
Retrieval │
▼ │
Re-ranking │
▼ │
Construcción │
de contexto │
▼ │
LLM │
▼ │
Evaluación │
│ │
└──── Retry ◄───┘
│
▼
Respuesta final
Estructura del proyecto
Medical_AI_Assistant/
├── retrieval/
├── ranking/
├── orquestacion/
├── agente/
├── adaptadores_mcp/
├── observabilidad/
├── despliegue/
├── data/
├── scripts/
├── test/
├── main.py
├── pipeline.py
├── requirements.txt
├── README.md
└── .env.example
Tecnologías utilizadas
- Python 3.11
- LangChain
- LangGraph
- Google Gemini
- Sentence Transformers
- CrossEncoder (MS MARCO)
- Qdrant
- LangSmith
- Arize Phoenix
- OpenTelemetry
- MCP (Model Context Protocol)
- Docker
- Kubernetes
Componentes implementados
Retrieval
- Base vectorial Qdrant
- Embeddings Sentence Transformers
- Recuperación semántica
Ranking
Re-ranking mediante:
cross-encoder/ms-marco-MiniLM-L-6-v2
Orquestación
Implementada utilizando:
- LangChain
Agente
Implementado mediante:
- LangGraph
Flujo del agente:
Retrieval
↓
Re-ranking
↓
Contexto
↓
LLM
↓
Evaluación
↓
Retry (si es necesario)
Observabilidad
Implementada mediante:
- ✅ LangSmith
- ✅ Arize Phoenix (OpenTelemetry)
Permite visualizar la ejecución completa del pipeline, las llamadas al modelo, tiempos de ejecución y trazabilidad del agente.
MCP
Se implementó un servidor MCP utilizando FastMCP.
Herramienta disponible:
search_medical_documents()
Permite consultar documentos almacenados en Qdrant desde clientes compatibles con Model Context Protocol.
Despliegue
El proyecto incluye:
- Dockerfile
- Kubernetes Deployment
- Kubernetes Service
Los archivos de despliegue están preparados para ejecutarse en un entorno con Docker Engine y un clúster Kubernetes configurado.
Instalación
Crear el entorno:
conda create -n medical_ai python=3.11
Activarlo:
conda activate medical_ai
Instalar dependencias:
pip install -r requirements.txt
Variables de entorno
Crear un archivo .env:
GEMINI_API_KEY=
LANGSMITH_TRACING=true
LANGSMITH_API_KEY=
LANGSMITH_PROJECT=medical-ai-assistant
PHOENIX_TRACING=true
PHOENIX_API_KEY=
PHOENIX_COLLECTOR_ENDPOINT=
PHOENIX_PROJECT_NAME=medical-ai-assistant
Ejecución
python main.py
Pruebas
Grafo:
python test/test_graph.py
Servidor MCP:
python test/test_mcp.py
Prueba del LLM:
python test/test_llm.py
Prueba de Gemini:
python test/test_gemini.py
Estado de implementación
| Componente | Estado |
|---|---|
| Retrieval | ✅ |
| Ranking | ✅ |
| LangChain | ✅ |
| LangGraph | ✅ |
| MCP | ✅ |
| LangSmith | ✅ |
| Arize Phoenix | ✅ |
| Docker | ✅ |
| Kubernetes | ✅ |
Autor
Gonzalo Matos
Proyecto desarrollado como trabajo final de la asignatura AI Engineering.
El repositorio implementa una arquitectura modular basada en Retrieval-Augmented Generation (RAG), LangChain, LangGraph, Model Context Protocol (MCP) y herramientas de observabilidad para sistemas de IA en producción.
Recommended Servers
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Using MCP to run code via e2b.
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MCP server for interacting with Neon Management API and databases
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This repository is an example of how to create a MCP server for Qdrant, a vector search engine.